ABSTRACT
ABSTRACT Objective. Isolate, identify and molecularly characterize pathogenic Cryptococcus isolates for humans from environmental and clinical samples from the city of Cúcuta. Materials and methods. A total of 1300 samples were collected from 446 trees of 10 different species in 10 public areas of Cúcuta. Concomitantly, clinical isolates of Cryptococcus neoformans were obtained (June 2016-June 2017). The samples were cultivated in Guizottia abysinica seed medium and were then biochemically identified and characterized by PCR fingerpinting and RFLP of the URA5 gene. Results. C. neoformans displayed an environmental prevalence of 4.3% (19 positive individuals), and that of C. gattii was 0.2% (1 positive individual); this yielded a total of 20 Cryptococcus-positive trees and 21 isolates (two from the same individual). Santander Park registered 47.6% of the global prevalence (10/21 isolates), followed by La Victoria Park with 23.8% (5/21 isolates), corresponding to C. neoformans. One C. gattii isolate was collected from a Ficus benjamina tree located in Mercedes Ábrego Park. Genotypic analysis revealed the presence of C. neoformans var. grubii VNI in 85.7% of environmental isolates as well as 100% of clinical isolates. VNII and VGII molecular types represented 9.5% and 4.8% of the environmental isolates, respectively. Conclusions. The longitudinal sampling of previously reported environmental niches of the fungus reveals its presence and suggests that permanent monitoring is required both in the environment and in patients, especially in endemic areas of the city.
RESUMEN Objetivo. Aislar, identificar y caracterizar molecularmente aislamientos de Cryptococcus patógenos para humanos a partir de muestras ambientales y clínicas de la ciudad de Cúcuta. Materiales y métodos. Se recolectaron 1300 muestras de 446 árboles de 10 especies diferentes, en 10 zonas públicas de Cúcuta. Concomitantemente, se obtuvieron aislados clínicos de Cryptococcus neoformans (junio de 2016-junio de 2017). Se realizó cultivo en agar semillas de Guizottia abysinica, posterior identificación bioquímica y caracterización genética mediante PCR-huella Digital y RFLP-URA5. Resultados. Se determinó prevalencia ambiental para C. neoformans de 4.3% (19 individuos positivos) y C. gattii de 0.2% (1 individuo positivo), para un total de 21 aislados y 20 árboles positivos. El parque Santander registró el 47.6% de la prevalencia global (10/21 aislados), seguido del parque La Victoria con 23.8% (5/21 aislados), correspondientes a C. neoformans. Se obtuvo un aislado de C. gattii en un individuo Ficus benjamina del parque Mercedes Ábrego. El análisis genotípico reveló presencia de C. neoformans var. grubii VNI en el 85.7% de los aislados ambientales, así como en el 100% de los clínicos, seguido de VNII y VGII en 9.5% y 4.8% de los aislados ambientales, respectivamente. Conclusiones. El muestreo longitudinal de los nichos ambientales previamente reportados del hongo revela su presencia y sugiere que se requiere una vigilancia permanente tanto en el medio ambiente como en los pacientes, especialmente en las zonas endémicas de la ciudad.
Subject(s)
Cryptococcosis , Cryptococcus neoformans , GenotypeABSTRACT
En este estudio los materiales fueron seleccionados en 53 fincas pertenecientes a cuatro asociaciones de cultivadores de mora en los municipios de Pamplona y Chitagá (Norte de Santander, Colombia). Se emplearon como explantes segmentos nodales, los cuales permitieron obtener en poco tiempo brotes adventicios adecuados para la multiplicación masiva. Para la etapa de establecimiento se empleó el medio de cultivo Murashige y Skoog, (MS 1962), suplementado con ácido giberélico (GA3) (0.0-0.1 mg/L) y 6-benzil aminopurina (BAP) (0,0-2,0 mg/L), en la etapa de multiplicación MS ,suplementado con GA3 (0,0-0,03 mg/L-1) y BAP (0,0-2,5 mg/L) y para la etapa de enraizamiento MS, suplementados con ácido indolbutírico (AIB) (0,0-1,0 mg/L). A los datos generados en las tres etapas, se les aplicó un diseño experimental de bloques completos al azar y se analizaron estadísticamente los promedios de los tratamientos mediante una prueba de Tukey. Los resultados alcanzados indicaron tasas promedio de contaminación (16,5-49,7 %) multiplicación (3,8-4,3 brotes/explante) y enraizamiento (3,3-4,3 raíces/planta) in vitro para los diferentes materiales seleccionados y evaluados. Estos resultados, logrados por primera vez en la región Nororiental de Colombia, son importantes por cuanto se contara con materiales seleccionados disponibles para los cultivadores de mora de la región.
In this study plant materials were selected in 53 farms belonging to four growers associations of blackberry in the municipalities of Pamplona and Chitagá (North of de Santander, Colombia). Nodal segments were used as initial explants of R. glaucus. For the establishment stage Murashige and Skoog, 1962 (MS) media was used and, supplemented with of gibberellic acid (GA3) (0.0 -0.1 mg/L) and 6-aminopurine (BAP) (0.0 -2.0 mg/L); for the multiplication stage MS was supplemented with GA3 (0.0 -0.03 mg/L) and BAP, (0.0 -2.5 mg/L) and for the rooting stage MS was supplemented with acid indolbutirico (0.0 -1.0 mg/L). From the data generated during the three stages, an experimental design of incomplete blocks was randomly applied and the treatments averages were statistically analyzed using the Tukey Test. The results indicated average rates of contamination (16.5-49.7 %), multiplication (3.8-4.3 shoots/explant) and in vitro rooting (3.3-4.3 roots/plant) for the different evaluated materials. These results, achieved first in the Northeastern region of Colombia, are important in that they will feature selected materials available for blackberry growers in the region.
ABSTRACT
Objetivo. Reconocer las especies cultivadas y silvestres de Rubus en 53 fincas con cultivos comerciales de Rubus glaucus Benth, pertenecientes a cuatro asociaciones de cultivadores de mora en los municipios de Pamplona y Chitagá (Norte de Santander, Colombia). Materiales y métodos. Se recolectaron 3-5 especímenes en cada uno de los predios de los agricultores y en los bordes de los caminos. Para la especie cultivada se seleccionaron plantas con edades entre 9-12 meses de establecidas en las parcelas comerciales y material silvestre con características típicas de Rubus. Se evaluaron veinte y dos descriptores (catorce cuantitativos y ocho cualitativos), considerándose los ubicados entre la séptima y octava yema de las ramas hembras y machos (cinco repeticiones), frutos y flores de cada material. A las catorce variables cuantitativas se les realizó el análisis de componentes principales, para identificar los descriptores que más contribuían con la diferenciación morfológica entre las accesiones analizadas. Se efectuó un análisis de conglomerados que permitió agrupar las diferentes accesiones por su semejanza o disimilitud. El algoritmo utilizado fue el método de Ward. Resultados. De las 147 accesiones analizadas, el estudio permitió reconocer la presencia de seis taxa diferentes R. glaucus Benth (con espinas y sin espinas), R. alpinus Macfad, R. adenotrichos Schltdl, R. rosifolius Sm., R. bogotensis Kunth y R. floribundus Kunth. Conclusiones. Los descriptores que permitieron diferenciar las especies y discriminarlas por grupos y aportan el 77% de la información en el estudio, mediante el análisis de componentes principales fueron: el largo y el ancho de los foliolos tanto laterales como centrales, la longitud de estructuras florales y foliares, la forma del ápice, y el número de venas secundarias...
Phenotypical characterization of Rubus L. species accessions in the provinces of Pamplona and Chitagá, northeastern region of Colombia. Objective. Determine the cultivated and wild species of Rubus in 53 commercial farms of Rubus glaucus Benth, owned by four blackberry growers association in the provinces of Pamplona and Chitagá (North of Santander, Colombia). Materials and methods. Three to five specimens were collected from each farm and along the roadside. Plants aged 9 to 12 months established in the commercial farms and wild materials with characteristics of Rubus were selected. Twenty two descriptors (fourteen quantitative and eight qualitative) were assessed. We considered the seventh and eighth branch buds both male and female (with five repetitions) and fruits and flowers of each material. Principal component analysis was done with the fourteen quantitative variables, to identify the descriptors that most contribute to the morphological differentiation of accessions. A conglomerate analysis was used for grouping accessions according to their similarity and dissimilarity. Results. Among the 147 accessions analyzed from the different farms, our study determined the presence of 6 different taxa: R. glaucus Benth (with and without spines), R. alpinus Macfad, R. adenotrichos Schltdl, R. rosifolius Sm., R. bogotensis Kunth and R. floribundus Kunth Conclusions. The descriptors that differentiated the species and discriminated them by groups by providing 77% of the information with the use of principal component analysis, were: length and width of central and lateral leaflets, length of flower and leaf structures, apex shape and number of secondary veins...
Caracterização fenotípica dos acessos de espécies de Rubus L. dos municípios de Pamplona e Chitagá, nordeste da Colômbia. Objetivo. Reconhecer as espécies cultivadas e silvestres de Rubus em 53 fazendas com plantações comerciais de Rubus glaucus Benth, pertencentes a quatro associações de produtores de amora nos municípios de Pamplona e Chitagá (Norte de Santander, Colômbia). Materiais e métodos. Foram coletadas de 3 a 5 espécimes em cada uma das fazendas dos agricultores e à beira dos caminhos. Para a espécie cultivada foram selecionadas plantas com idades entre nove y doze meses de estabelecidas nas parcelas comercias e material silvestre com características típicas de Rubus. Foram avaliados 22 descritores (quatorze quantitativos y oito qualitativos), considerando-se aqueles localizados entre o sétimo e o oitavo broto dos ramos fêmeas e machos (cinco repetições), frutos e flores de cada material. As 14 variáveis quantitativas foram pesquisadas pela análise de componentes principais, para identificar os descritores que mais contribuíram com a diferenciação morfológica entre os acessos analisados. Foi realizada uma análise de cluster para agrupar os diferentes acessos pela sua similaridade ou dissimilaridade. O algoritmo utilizado foi o método de Ward. Resultados. Dos 147 acessos analisados, o estudo permitiu reconhecer a presença de seis taxa R. glaucus Benth (com espinhos e sem espinhos), R. alpinus Macfad, R. adenotrichos Schltdl, R. rosifolius Sm., R. bogotensis Kunth e R. floribundus Kunth. Conclusões. Os descritores que permitiram diferenciar as espécies e discriminá-las por grupos e que fornecem 77% da informação no estudo, usando análise de componentes principais, foram: o comprimento e a largura dos folíolos laterais e centrais, o comprimento de estruturas florais e folhares, a forma do ápice, e o número de nervuras secundárias...